中國醫學(xué)科學(xué)院基礎醫學(xué)研究所-北京協(xié)和醫學(xué)院基礎學(xué)院（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“基礎所院”），前身為中國醫學(xué)科學(xué)院的實(shí)驗醫學(xué)研究所（簡(jiǎn)稱(chēng)實(shí)研所），其基礎是北京協(xié)和醫學(xué)院臨床前期各學(xué)系和中央衛生研究院部分研究室。基礎所院的歷史沿革，概括起來(lái)就是原北京協(xié)和醫學(xué)院臨床前期機構的變遷和發(fā)展史。

逐步建立解剖學(xué)系、生理學(xué)系、病理學(xué)系、生化系、藥理學(xué)系、生化系、藥理學(xué)系、公共衛生學(xué)系等八個(gè)學(xué)系。

在原中央衛生研究院的基礎上建立中國醫學(xué)科學(xué)院，是新中國成立后最早成立的三大科學(xué)院之一。1957年11月，與始建于1917年的北京協(xié)和醫學(xué)院合并，成為我國唯一的國家級醫學(xué)科學(xué)學(xué)術(shù)中心和綜合性科學(xué)研究機構，是新中國成立后一項重大調整和建設成就。

在原保留的六個(gè)科系（解剖學(xué)、生物化學(xué)、生理學(xué)、病理學(xué)、微生物及免疫學(xué)、公共衛生學(xué)）基礎上建立實(shí)驗醫學(xué)研究所，位于協(xié)和醫學(xué)院前期各學(xué)系的原址，是中國醫學(xué)科學(xué)院首批成立的五個(gè)研究所之一。由張鋆教授任所長(cháng)、郭福芝、張錫鈞任副所長(cháng)，郭福芝任黨總支書(shū)記。下設形態(tài)學(xué)、生物化學(xué)、生理學(xué)、病理學(xué)、病理生理學(xué)、生物物理學(xué)六個(gè)學(xué)系，擁有一大批著(zhù)名醫學(xué)科學(xué)家和中青年科技骨干，隊伍嚴整，實(shí)力雄厚。逐步發(fā)展成為全國知名的一流醫學(xué)基礎理論研究所。

在醫科院院長(cháng)黃家駟領(lǐng)導下，重建八年長(cháng)學(xué)制醫科大學(xué)，更名為中國醫科大學(xué)。實(shí)研所有部分人員被調去支持恢復教學(xué)工作，先后重建和新建了解剖學(xué)、組織胚胎學(xué)、藥理學(xué)、微生物學(xué)和免疫學(xué)、寄生蟲(chóng)學(xué)、公共衛生學(xué)和流行病學(xué)、統計學(xué)等教研室。此外，實(shí)研所有關(guān)學(xué)系還參與了10個(gè)專(zhuān)業(yè)班學(xué)生的培養，為充實(shí)醫科院各院所基礎醫學(xué)各學(xué)科的教學(xué)和青年科研隊伍輸送人才。

實(shí)研所被全部遷移至四川省簡(jiǎn)陽(yáng)縣，1972年并入醫科院四川分院，期間取得多項國際水平的科研成果。

經(jīng)國務(wù)院批準，原實(shí)驗醫學(xué)研究所遷回北京，與基礎醫學(xué)組原協(xié)和醫大教學(xué)人員合并，更名為基礎醫學(xué)研究所，下設十二個(gè)研究室。

此次復校后命名為中國協(xié)和醫科大學(xué)，基礎醫學(xué)研究所承擔一客本科生臨床前期的幾乎全部課程，是中國協(xié)和醫科大學(xué)的基礎醫學(xué)部，同時(shí)也承擔研究生院為全院各院所研究生開(kāi)辦的絕大部分基礎醫學(xué)課程。在原有的十二個(gè)研究室基礎上，又增加了八個(gè)教研室。

基礎醫學(xué)研究所和醫大基礎部（1993年更名為基礎醫學(xué)院）正式成為雙名一體的機構，基本按學(xué)系/教研室建制，體制延續至今。

協(xié)和醫大與清華大學(xué)實(shí)行緊密合作辦學(xué)，基礎醫學(xué)院更名為基礎學(xué)院。