陳陽(yáng)
教育經(jīng)歷：
1999.09-2002.06，就讀于中山大學(xué)主修藥學(xué)專(zhuān)業(yè)，輔修計算機專(zhuān)業(yè)，獲學(xué)士學(xué)位。
2002.09-2005.06，就讀于北京協(xié)和醫學(xué)院, 免疫學(xué)專(zhuān)業(yè)，獲碩士學(xué)位。
2005.09-2008.06，就讀于北京協(xié)和醫學(xué)院，生化與分子生物學(xué)專(zhuān)業(yè)，獲博士學(xué)位。
工作經(jīng)歷：
2008.09-2011.07，清華大學(xué)自動(dòng)化系控制科學(xué)與工程博士后站，助理研究員。
2011.08-2020.12，清華大學(xué)信息國家研究中心生物信息學(xué)研究部，助理研究員、副研究員。
2020.12-至今，中國醫學(xué)科學(xué)院基礎醫學(xué)研究所，研究員，博士生導師。
研究方向：
我們主要圍繞疾病的基因組學(xué)基礎開(kāi)展下列三個(gè)方面的研究：
1）生物時(shí)空組學(xué)技術(shù)與生物信息方法研究。
2）疾病的基因組空間結構與功能研究。
3）疾病的個(gè)體化診療新策略研究。
主要研究成果：
近期我們在Nature Methods（SEAM,2021）、Nature Communications（MyoD, 2022、BL-Hi-C, 2017）、Genome Biology（Hi-MS,2021、3CPET, 2015）、Genome Research（FIND, 2018）、Nucleic Acids Research（PhaSepDB, 2020、HiCDB, 2018）、Analytical Chemistry（PECAN，2018）等期刊發(fā)表基因組技術(shù)、生物信息方法、基因組調控機理相關(guān)論文五十余篇，獲得中國發(fā)明專(zhuān)利3項，獲得軟件著(zhù)作權2項。研究成果入選2018年度、2021年度中國生物信息學(xué)十大進(jìn)展。
課題組成員：
王琦，臨床科研項目主管
王莉莎，科研項目助理
楊麗黎，2020級客座博士研究生
韓虹曉，2021級客座博士研究生
趙鈺珊，2019級碩士研究生
冀夢(mèng)蝶，2020級碩士研究生
郭鑫，2021級碩士研究生
宋博淵，2021級碩士研究生
王雪竹，2016級協(xié)和臨床八年制學(xué)生
董昱誠，2017級協(xié)和臨床八年制學(xué)生
陳欣宇，2018級協(xié)和臨床八年制學(xué)生
沈喬一，2019級協(xié)和臨床八年制學(xué)生
陳志卓，2019級協(xié)和臨床八年制學(xué)生
人才招聘：
2022年課題組計劃在計算科學(xué)、基因組學(xué)或化學(xué)生物學(xué)方向招聘副研究員／助理研究員1名（事業(yè)編制）、博士后2名。課題組具備先進(jìn)的基因組學(xué)、生物信息學(xué)、系統醫學(xué)研究平臺，經(jīng)驗豐富的帶教老師，可以為博士研究生／碩士研究生／訪(fǎng)問(wèn)實(shí)習學(xué)生提供合理完善的培養條件。熱烈歡迎各位致力于交叉學(xué)科研究與轉化醫學(xué)實(shí)踐的伙伴聯(lián)系我們！
聯(lián)系方式：
聯(lián)系電話(huà)：010-69156430
電子郵件：yc｛at｝ibms.pumc.edu.cn
通訊地址：老科研樓348室，北京東單三條5號，郵編100005
近期代表論文（＃第一作者，*通訊作者）
- 1. Ruiting Wang#, Fengling Chen#, Qian Chen#, Xin Wan, Minglei Shi, Antony K. Chen, Zhao Ma, Guohong Li, Min Wang, Yachen Ying, Qinyao Liu, Hu Li, Xu Zhang, Jinbiao Ma, Jiayun Zhong, Meihong Chen, Michael Q. Zhang*, Yong Zhang*, Yang Chen*, Dahai Zhu*. Nature Communications, 2022.13.205. link
- 2. Xuezhu Wang#, Yucheng Dong#, Yongchangzheng, Yang Chen*. Multi-omics Metabolic and Epigenetics Regulatory Network in Cancer: A Systems Biology Perspective. Journal of Genetics and Genomics, 2021.520-530. link
- 3. Zhiyuan Yuan#, Qiming Zhou#, Lesi Cai#, Lin Pan, Weiliang Sun, Shiwei Qumu , Si Yu, Jiaxin Feng, Hansen Zhao, Yongchang Zheng, Minglei Shi, Shao Li, Yang Chen*, Xinrong Zhang*, Michael Q. Zhang*. SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method for dissecting tissue microenvironment. Nature Methods, 2021.18,1223-1232. link
- 4. Minglei Shi#*, Kaiqiang You#, Taoyu Chen, Chao Hou, Zhengyu Liang, Mingwei Liu, Jifeng Wang, Taotao Wei, Jun Qin, Yang Chen*, Michael Q Zhang*, Tingting Li*. Quantifying the phase separation property of chromatin-associated proteins under physiological conditions using an anti-1,6-hexanediol index. Genome Biology, 2021.22(1):229. link
- 5. Shuai Jiang, Hao Li, Hao Hong, Guifang Du, Xin Huang, Yu Sun, Junting Wang, Huan Tao, Kang Xu, Cheng Li, Yang Chen*, Hebing Chen*, Xiaochen Bo*. Spatial density of open chromatin: an effective metric for the functional characterization of topologically associated domains. Briefings in Bioinformatics. 2020 Sep 28;bbaa210. link
- 6. Kaiqiang You#, Qi Huang#, Chunyu Yu#, Boyan Shen, Cristoffer Sevilla, MingleiShi, HenningHermjakob*, Yang Chen*, Tingting Li*. PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins. Nucleic Acids Research, 2020, Jan 8;48(D1):D354-D359. link
- 7. Fengling Chen#, Guipeng Li#, Michael Q Zhang, Yang Chen*. HiCDB: a sensitive and robust method for detecting contact domain boundaries. Nucleic Acids Research, 2018, 46, 11239-11250. link
- 8. Mohamed Nadhir Djekidel, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. FIND: difFerential chromatin INteractions Detection using a spatial Poisson process. Genome Research, 2018, 28:1-11. link
- 9. Yanjian Li#, Yi He#, Zhengyu Liang, Yang Wang, Fengling Chen, Mohamed Nadhir Djekidel, Guipeng Li, Xu Zhang, Shuqin Xiang, Zejun Wang, Juntao Gao, Michael Q. Zhang*, Yang Chen*. Alterations of specific chromatin conformation affect ATRA-induced leukemia cell differentiation. Cell Death & Disease, 2018, 9(2):200. link
- 10. Zhengyu Liang, Guipeng Li, Zejun Wang, Mohamed Nadhir Djekidel, Yanjian Li, Minping Qian, Michael Q. Zhang* and Yang Chen*. BL-Hi-C is an efficient and sensitive approach for capturing structural and regulatory chromatin interactions. Nature Communications, 2017, 8:1622. link
- 11. Jingyu Wang, Fengling Chen, Longwei Liu, Chunxiao Qi, Bingjie Wang, Xiaojun Yan, Chenyu Huang, Wei Hou, Michael Q. Zhang, Yang Chen*, Yanan Du*. Engineering EMT using 3D micro-scaffold to promote hepatic functions for drug hepatotoxicity evaluation. Biomaterials, 2016. 91:11-22. link
- 12. Mohamed Nadhir Djekidel, Zhengyu Liang, Qi Wang, Zhirui Hu, Guipeng Li, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. 3CPET: finding co-factor complexes from ChIA-PET data using a hierarchical Dirichlet process. Genome Biology, 2015. 16:288. link
實(shí)驗室網(wǎng)站：www.4dgenome.net